ГЕТЕРОХРОМАТИН (от гетеро... и хроматин), участки хроматина, находящиеся в конденсированном (плотно упакованном) состоянии в течение всего клеточного цикла. Интенсивно окрашиваются ядерными красителями и хорошо видны в световой микроскоп даже во время интерфазы. Гетерохроматические районы хромосом, как правило, реплицируются позже эухроматиновых и не транскрибируются, то есть генетически весьма инертны. Ядра активных тканей и эмбриональных клеток большей частью бывают бедны гетерохроматином. Различают факультативный и конститутивный (структурный) гетерохроматин. Факультативный гетерохроматин присутствует только в одной из гомологичных хромосом. Пример гетерохроматина такого типа — вторая X-хромосома у женских особей млекопитающих, которая в ходе раннего эмбриогенеза инактивируется вследствие её необратимой конденсации. Структурный гетерохроматин содержится в обеих гомологичных хромосомах, локализован преимущественно в экспонированных участках хромосомы — в центромере, теломере, ядрышковом организаторе (во время интерфазы он располагается неподалёку от ядерной оболочки), обеднён генами, обогащен сателлитной ДНК и может инактивировать расположенные по соседству гены (так называемый эффект положения). Этот тип гетерохроматина очень вариабелен как в пределах одного вида, так и в пределах близких видов. Он может влиять на синапсис хромосом, частоту индуцированных разрывов и рекомбинацию. Участкам структурного гетерохроматина свойственна адгезия (слипание) сестринских хроматид.
См. также Эухроматин.
